Nicolás pertenecía por línea paterna a una arraigada estirpe irunesa, la de los Guerendiain y los Aguinaga, su padre fue primer alcalde republicano de Irun y vicepresidente de la Diputación a finales del XIX. Por línea materna, a los Salaberri e Iturralde, baztaneses y marqueses de Murillo, cuyo título ostentaba su madre.